Shinya Tsukamoto naît le 1er janvier 1960 à Tokyo, à l'aube du renouveau économique d'un Japon se remettant difficilement des lendemains de la fin de la Seconde Guerre Mondiale. Deux ans plus tard va naître son frère, Koji, jouant un rôle prépondérant dans la carrière du futur réalisateur.
Les parents sont TSUKAMOTO Kazuo et Mieko. Le premier est illustrateur de magazines, travail qui l'oblige à faire de longues heures et de ne pouvoir être très présent au domicile familial. Il aime à se donner fière allure, s'habiller avec les vêtements à la dernière mode et conduire des voitures de sport. Etant jeune, il suivit des études d'Art à l'université et avait un fort goût prononcé pour la peinture. Self-made man au lendemain des jours difficiles de l'après-guerre, il n'est pas peu fier de sa réussite. Il ne voit pas d'un mauvais œil la voie artistique empruntée par son fils aîné au cours de son adolescence, mais reste critique envers les peintures de son rejeton, puis de ses films et mises en scène théâtrales expérimentaux. En revanche, il n'a jamais su pardonner à son fils, l'abandon de son métier dans une agence de publicité pour tenter sa chance en tant que réalisateur de films.
Mieko est mère au foyer. Très présente pour ses deux enfants, Shinya évoque la relation avec sa mère comme oedipienne. Les très forts personnages féminins récurrents tout au long de sa filmographie semblent témoigner de ses dires. De la vieille école, elle est soumise à son mari, mais accorde toute liberté à l'épanouissement de ses deux fils. Le départ de la maison de ses enfants constitue un réel déchirement, mais plus encore s'inquiète-t-elle de leur devenir. D'un côté, Koji, qui ne va que tardivement abandonner sa tentative de carrière de boxeur professionnel pour se consacrer pleinement à son métier de cuisinier; de l'autre côté, Shinya, qui a longuement vécu sous le toit familial pour pouvoir réinvestir ses salaires dans la réalisation de ses pièces de théâtre et premiers films tournés.
Shinya connaît donc une enfance heureuse, encadré par un père veillant à ce qu'il ne s'écarte pas du droit chemin et subjugué par l'amour maternel. Il est très complice avec son frère Koji et ce n'est que durant les dernières années passées au lycée, que les deux frères vont finir par s'éloigner l'un de l'autre, ne se retrouvant que le temps des traditionnelles fêtes de fin d'année – et avant que le cinéma ne les rapproche à nouveau.
Enfant éveillé, Shinya fait beaucoup de sport : Jogging, natation et base-ball comptent parmi ses passe-temps favoris. Parallèlement, il suit des cours de théâtre dès l'âge de dix ans. Aimant à se mettre en avant, il adore monter sur scène pour se donner en spectacle. Cette envie ne le quitte plus jamais, le futur réalisateur apparaissant dans quasiment tous ses films et participant à bon nombre de projets de ses pairs.
Il est un grand fan des kaiju eiga (films de monstres) et notamment de la série des "Gamera", que sa mère l'emmène voir chaque été. D'autre part, il passe son temps à imiter les différents dessins animés projetés à la télévision ou au cinéma.